Cours BIN1002

Intégration biosciences - informatique 1

Hiver 2012

Professeurs :

Sylvie Hamel (SH) , DIRO, 3161 Pavillon A-Aisenstadt

sylvie.hamel AT umontreal.ca

Hervé Philippe (HP) , Département de Biochimie, H-307 Pavillon Roger-Gaudry

herve.philippe AT umontreal.ca

Démonstrateur :

Fatou Tao

fatou.tao AT umontreal.ca

Plan de cours

Horaire et salles

Calendrier (cours, présentations, TPs et devoirs)

Ressources pour les présentations

Préparatoires

Remise et notes

Connexion depuis la maison

Calendrier

Date	Documents	Responsable
06/01	Présentation du cours (notes de cours) Survol de la bioinformatique (notes de cours)	SH, HP
09/01	-
13/01	Structure des gènes Prédiction de gènes	SH, HP
16/01	TP 1 : Perl et recherche d'ORF Devoir1 - Sequence - Barème	FT
20/01	Biologie comparative Alignements local et global	SH
23/01	TP2: Fin des Travaux sur le Devoir_1	FT
27/01	Alignements local et global (suite)	SH
30/01	TP 3 : Alignements - D2 Devoir 2 - Lambda - p22	FT
03/02	Suite du cours prédent	SH
06/02	TP 4 : Alignements et bases de données Ecrire une page HTML, Notes HTML	FT
10/02	Phylogénie	HP
13/02	TP5-0: Phylogénie Devoir3	FT
17/02	Prédiction de structures secondaires d'ARN	SH
20/02	TP 6 : Structures secondaires	FT
24/02	Puce à ADN	HP
27/02	TP7: Puces a ADN et Banques de Données Devoir 4 - tRNA.txt	FT
02/03 09/03	Semaine de relâche	-
12/03	TP 8 : Insight II (M-535-4) - Fichiers PDB	FT
16/03	Introduction au MCMC	Nicolas Lartillot
19/03, 26/03 et 02/04	Aide a la préparation des exposés	FT
07/05	Technique d'etude des interactions proteine-proteine a grande echelle	HP, SH

Remise et notes

Modalités :

- Copie électronique : déposer dans le compte ESILBAC la journée de tombée (jusqu'à 23h59).

- Retard : une pénalité de 10% par jour est accordée aux travaux remis au delà de la date de tombée, pendant 7 jours.

Conseil pour la remise électronique:

La remise électronique doit être faite en 1 seul fichier compressé :

> mkdir dossier1/

(incluant tous vos fichiers)

> tar -cvf devoir1.tar dossier1/
> remise bin1002 devoir1 devoir1.tar

Pour vérifier :

> remise -v bin1002 devoir1

Dates de remise :

Devoir 1 : Le 27 janvier 2012
Titre du répertoire : devoir1

Devoir 2 :  Le 10 février 2012
Titre du répertoire : devoir2

Résumé:  Le 12 février 2012
Titre du répertoire : resume

Devoir 3 : Le 20 février 2012
Titre du répertoire : devoir3

Devoir 4 : Le 12 mars 2012
Titre du répertoire : devoir4

Test Répitulatif: Vendredi 20 Avril 2012

Présentation : Vendredi 23 mars, 30 mars, 13 avril 2012
Titre du répertoire : presentation

Visualisation des notes :

A partir du compte ESIBAC tapez simplement :

> notes bin1002

Seules les notes de l'étudiant connecté sont visibles